现世所存十三行档案文献资料，以中国第一历史档案馆所藏清宫档案最为集中，也最有价值。我馆与中国第一历史档案馆共同设立的广东十三行档案文献资料中心所提供的档案文献资料内容主要包括：
    （一）十三行的设置、管理及其机构沿革；
    （二）清政府对外闭关锁国，只开放广州一地为对外贸易口岸；
    （三）广州、澳门及香港口岸贸易情况有关中外纠纷事件；
    （四）粤海关的腐败及各类案件的查处；
    （五）粤海关每年税收及进出口情况。
    这些档案，相当部份是清代历朝皇帝珠笔批示过的奏摺，还有大量朝廷谕令、官府咨文等。除上述历史档案外，公布的还有当时十三行经营的外销画，以及中外学者几百年来对广州十三行的研究文献资料。
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